GWAS ابتدا در آنالیز بیماری های انسانی استفاده شده است که این روش با توالی یابی ژنوم در گونه های مختلف دام های اهلی، در زمینه علوم دامی کسترش یافت. در دهه های اخیر محققین با استفاده از نقشه یابی مکان های ژنی صفات کمی(QTL Mapping) توانسته اند به نتایج قابل توجهی دست یابند و واریانت های ژنتیکی مرتبط با صفات کمی مختلفی را شناسایی ، اما نه همه واریانت ها را به این دلیل که در QTL Mapping از تراکم کمتری از مارکرها استفاده می شود. امروزه از تکنیک جدیدی به نام GWAS برای شناسایی واریانت های مختلف مرتبط با صفات کمی استفاده می شود.

 این روش تعریف شده بصورت مطالعه کل ژنوم با استفاده از مارکرهای ژنتیکی (SNP) و بررسی ارتباط این مارکرها با اطلاعات فنوتیپی. هدف از این روش تنها مشخص کردن این موضوع می باشد که هر یک از صفات مورد بررسی تحت تاثیر چه ناحیه ژنی قرار دارند. این تکنیک را تحت عنوان    whole genome association study  نیزمی شناسند.

شکل زیر نشان دهنده تکنیک های رایج association بین اطلاعات ژنتیکی و فنو تیپی از زمان پیدایش ژنتیک مولکولی را نشان می دهد.

کاربردها GWAS :

شناسایی نواحی کروموزومی یا QTL های موثر بر صفات مختلف

شناسایی  snp ، نواحی ژنی و ژن های کاندید موثر بر صفات مختلف

شناسایی   Majer genesو مطالعه مکانیسم ژنتیکی صفات

بررسی association بین ژن ها

بررسی اثرات متقابل ژن ها

ساخت داروها ی جدید

افزایش دقت در پیش بینی بیماری های مختلف

مزایا GWAS:

1-              نااریب بودن این روش نسبت به سایر روش ها

2-              شناسایی واریانت ها با اثرات کم

3-              تشخیص نواحی ژنومی کوچکی

4-     بررسی کل ژنوم به جای چند ژن یا منظقه ژنی خاص